Momenteel zit hij bast op beschuldiging van een vorm van hoogverraad (rebellión), waar hij 25 jaar cel voor kan krijgen. Junqueras heeft een verzoek ingediend om de gevangenis te mogen verlaten om voor de kiesraad officieel in zijn nieuwe functie te treden, maar dit is vrijdag door justitie afgewezen.

Het proces tegen Junqueras en elf andere prominente separatisten is net afgerond en de uitspraak volgt naar verwachting later dit jaar. De rechters in Madrid willen niet dat het proces tegen Junqueras in de slotfase strandt en de beklaagde zich in Brussel vestigt. Zijn voormalige chef en sleutelfiguur achter de chaotische en illegale poging Catalonië in oktober 2017 af te scheiden, ex-regiopremier Carles Puigdemont, is destijds naar België gevlucht en woont in Waterloo.