Blaskic kwam op 1 april 1996 ’vrijwillig’ naar Den Haag, onder zachte druk van de toenmalige president Tudjman, die zich coöperatief wilde tonen om zijn relaties met de Amerikanen te verbeteren. Toenmalig hoofdaanklager Richard Goldstone had Blaskic in november 1995 aangeklaagd wegens misdaden tegen de mensheid en oorlogsmisdaden, voornamelijk gepleegd in 1993.

Dit gebeurde in het kader van de ’oorlog in de oorlog’, die de Bosnische Kroaten en de Bosnische moslims van half 1992 tot begin 1994 tegen elkaar voerden, terwijl zij ervoor en erna hun krachten bundelden tegen de gemeenschappelijke vijand, de Bosnische Serviërs.

De bekendste misdaad uit die oorlog is de massaslachting van Ahmici. Daar vermoordde de Bosnisch–Kroatische militie HVO op 16 april 2003 meer dan honderd moslimburgers. Vrouwen en kinderen verbrandden levend in hun huis.

Blaskic was toen regionaal commandant van de HVO. Tijdens zijn eerste voorgeleiding op 3 april 1996 verklaarde hij onschuldig te zijn. Zijn verdediging was dat hij probeerde het beste van de HVO te maken, maar dat hij grote problemen had om militaire discipline af te dwingen van de plaatselijk gerekruteerde soldaten.

Het proces duurde ruim twee jaar, van juni 1997 tot juli 1999, met als voorzittend rechter de Fransman Claude Jorda, die later president van het tribunaal zou worden. Het hof hoorde ruim 150 getuigen en produceerde tienduizenden pagina’s dossier, maar sommige vraagstukken konden niet worden opgehelderd. Tudjman kwam maar niet over de brug met de nodige archiefstukken.

Uit eigen belang, zoals na zijn dood in december 1999 bleek: Tudjman zou nu zijn aangeklaagd, als hij nog leefde, verklaarden de aanklagers van het tribunaal, nadat Tudjmans opvolger Mesic de archieven had geopend. Tudjman bleek nauw betrokken bij de oorlog in buurland Bosnië en daar gepleegde misdaden.

Voor het proces tegen Blaskic kwam de dood van Tudjman te laat. Hij werd op 3 maart 2000 veroordeeld tot 45 jaar cel, de hoogste straf die het tribunaal tot dan had opgelegd. Het was de eerste keer dat het internationale hof een topmilitair veroordeelde. Blaskic’ vrouw Ratka viel flauw op de publieke tribune, toen zij de strafmaat hoorde.

Het hoger beroep sleepte meer dan vier jaar voort. De advocaten van Blaskic wilden een heel nieuw proces, met alle documenten die na de dood van Tudjman beschikbaar waren gekomen, maar de rechters wilden daar niet aan beginnen. Het hoger beroep werd voornamelijk binnenskamers behandeld door bergen papier heen en weer te schuiven tussen de partijen. Getuigen werden achter gesloten deuren gehoord.

Maar pers en publiek konden tijdens de schaarse openbare zittingen wel sterke aanwijzingen zien dat anderen, verbonden aan Tudjmans partij HDZ, verantwoordelijk waren voor de massaslachting van Ahmici, ook al had Blaskic formeel het opperbevel ter plaatse. Vrienden van Blaskic in Kroatië hangen de theorie aan dat Tudjman hem heeft ’geslachtofferd’. Het is nog maar de vraag wat dat voor de strafmaat van Blaskic zal betekenen. Hij is immers in eerste aanleg ook veroordeeld voor andere, kleinere incidenten, die echter ook een dodelijke afloop kenden, maar dan met geringere aantallen slachtoffers.

Blaskic zelf zei op de laatste zittingsdag van de beroepszaak in december 2003 nog eens onschuldig te zijn: „Ik heb nooit bevel gegeven voor ook maar een misdaad en ik deed alles om misdaden te voorkomen."

De verdediging vroeg vrijspraak, de aanklagers om handhaving van de veroordeling tot 45 jaar cel.