De tunnel is geboord met een boor van 72 meter lengte, aldus het Projectbureau Betuweroute. De bouwkuip is onder water uitgegraven. In die bouwkuip zijn de vloer, de wanden en daarna het dak van de tunnel gestort. Het werk heeft zes jaar geduurd. Pas eind 2006 is de afwerking van de tunnel helemaal klaar. In 2007 wordt de Betuweroute in gebruik genomen.

De aanleg van de tunnel onder het Pannerdensch Kanaal is een van de meest omstreden onderdelen van de voorgenomen aanleg van de Betuweroute geweest. Het kabinet stelde oorspronkelijk voor het kanaal over te steken met een hoge, geluidsarme brug. Daar stak een storm van protest tegen op, aangezien de brug dwars over het natuurgebied Gelderse Poort, onderdeel van de ecologische hoofdstructuur, zou gaan. In het gebied leven onder meer de rugstreeppad en de kamsalamander, die milieuorganisaties gretig inzetten in hun strijd tegen de Betuwelijn.

Pas na jaren strijd ging het kabinet morrend akkoord met de aanleg van een geboorde tunnel, die rond de 140 miljoen euro kostte. De bouw van de tunnel van Boerenhoek naar Groessen was ook een zoethoudertje voor de provincie Gelderland, die dreigde zich tot de hoogste rechter tegen de aanleg van de Betuwelijn te verzetten als er geen aanpassingen zouden komen.

Gelderland had graag gezien dat er in de spoortunnel meteen een weg was aangelegd, om eindelijk de aansluiting van de snelweg A15 (Rotterdam - Ewijk) op de A12 bij Zevenaar te realiseren, maar dat ging het kabinet te ver wat betreft. De provincie studeert op dit moment op een mogelijkheid om het al twintig jaar ontbrekende snelwegdeel particulier te laten financieren.

In de komende anderhalf jaar wordt de tunnel nog voorzien van bovenleiding, ventilatiesystemen en sprinklers. Onlangs bleek uit rapporten van onder meer de brandweer dat de tunnels in de Betuweroute niet brandveilig genoeg zijn. Over deze bezwaren zijn nog gesprekken gaande, maar de gemeente Duiven heeft al aangekondigd desnoods naar de rechter te stappen.