Twee passagiers raakten in de trein bekneld en moesten worden bevrijd. De machinisten zijn er goed afgekomen. Een van hen is lichtgewond geraakt, de ander bleef ongedeerd.
De intercity kwam uit de richting Utrecht en was op weg naar Haarlem. Aan de oostzijde van CS botste die trein omstreeks half zeven tegen een lege dubbeldekker, die uit het station kwam en aan het rangeren was. Voor de veiligheid van reizigers en hulpverleners werd de spanning van de bovenleiding gehaald. De eerste wagon van de intercity is door de botsing over de locomotief geschoven en stak de lucht in.
Het is niet bekend hoeveel passagiers in de intercity zaten. De reizigers zijn opgevangen in een kantoor boven een van de sporen in het station. De treinen kwamen ter hoogte van het voormalige postexpeditiecentrum met elkaar in botsing. In de oude TPG–toren zit nu tijdelijk het Stedelijk Museum.
Het station werd ontruimd om de hulpverleners de ruimte te geven. Twee traumahelikopters en meerdere ambulances waren ter plaatse.
Door de aanrijding was helemaal geen treinverkeer mogelijk van en naar Amsterdam CS. De Nederlandse Spoorwegen adviseerden reizigers Amsterdam zo veel mogelijk te mijden in verband met de aanrijding. Treinreizigers in het hele land kregen te maken met vertragingen wegens de stremming van het drukste station van Nederland. De verwachting is dat Amsterdam zaterdag vanuit het oosten en zuiden ook niet of moeilijk te bereiken is door opruim– en herstelwerk.
De divisie Rail van de Inspectie Verkeer en Waterstaat en de Raad voor de Transportveiligheid stellen een onderzoek in naar de oorzaak van het ongeval. Voorzitter mr. Pieter van Vollenhoven van de raad liet zich in Amsterdam op de hoogte brengen van de botsing. De organisatie trekt in een veel later stadium conclusies en doet dan aanbevelingen die de veiligheid op het spoor moeten bevorderen.