Nagenoeg alle presidentskandidaten die aan de verkiezingen meedoen hebben op enigerlei wijze een band met de in 1926 opgerichte NU. Zo heeft president Megawati de handen ineengeslagen met kandidaat–vice–president Hasyim Muzadi, voorzitter van NU. Haar rivaal Wiranto treedt met Solahuddin Wahid aan, de broer van ex–president Abdurrahman Wahid, die binnen de NU zeer veel invloed heeft. Ook Wahid zelf wil weer een gooi doen.

De ogenschijnlijk kansrijkste kandidaat voor het presidentschap van het grootste moslimland ter wereld, Susilo Bambang Yudhoyono, laat zich ook niet onbetuigd. Hij heeft Jusuf Kalla naar voren geschoven als kandidaat voor het vice–presidentschap. Kalla’s vader was in de jaren vijftig parlementariër namens NU, toen deze organisatie nog nadrukkelijk politieke ambities koesterde. De huidige vice–president Hamzah Haz doet ook mee aan de verkiezingen en ook hij geldt als een sleutelfiguur binnen de NU.

De politieke aspiraties van de NU–kopstukken heeft geleid tot veel interne discussie en wrevel. Vooral de jongerenorganisatie van NU vindt dat de club neutraal moet blijven bij de eerste rechtstreekse presidentsverkiezingen van het land. Ze botsen daarmee met andere stromingen binnen de NU die verbondenheid met ’s lands politiek juist koesteren.