Een rechtbank in het westen van Iran heeft de historicus wegens kritiek op de geestelijkheid voor de tweede keer ter dood veroordeeld. Aghajari is niet in hoger beroep gegaan tegen het vonnis. Volgens een woordvoerder van de protesterende studenten is de doodstraf van Aghajari „een middeleeuwse en walgelijke straf” voor zijn kritiek op de conservatieve geestelijkheid.

In november 2002 werd Aghajari ook al ter dood veroordeeld. Dat leidde tot massale en gewelddadige studentenprotesten, waarna het doodvonnis werd omgezet in vier jaar gevangenisstraf.

Aghajari zit vast in een gevangenis in Teheran. De hervormingsgezinde president Mohammad Khatami heeft na het eerste doodvonnis tegen Aghajari de rechtbank die de straf oplegde bekritiseerd en gezegd dat Aghajari „meer had betekend voor Iran dan de onervaren rechter die hem ten onrechte van godsverzaking beschuldigt.”

Bij parlementsverkiezingen in februari heroverden de conservatieve krachten echter de macht in het parlement. De verkiezingen waren omstreden omdat de meeste hervormers van deelname waren uitgesloten. Het nieuwe parlement probeert maatregelen van het vorige, gematigd-progressieve parlement ongedaan te maken.