De kinderrechtenorganisatie UNICEF van de Verenigde Naties zegt dat één miljoen kinderen direct behandeling nodig hebben wegens acute ondervoeding. Er is alom gebrek aan voedsel en drinkwater. Bovendien breken er levensbedreigende ziekten uit als knokkelkoorts, diarree en cholera, Veel kinderen gaan hierdoor niet meer naar school. Dikwijls hebben ze niet meer dan een maaltijd per dag.

El Niño creëerde in Zuid-Amerika een voedingsbodem voor de verspreiding van de zikamug, verantwoordelijk voor knokkelkoorts, gele koorts en chikungunya, een koorts die onder meer ernstige spier- en gewrichtspijnen veroorzaakt. UNICEF vreest bovendien dat het weer de overdracht van hiv in de hand werkt. Kinderen met het virus hebben een sterftekans die twee tot zes keer groter wanneer zij ondervoed zijn.

Het fenomeen El Niño warmt het zeewater langs de evenaar op, hetgeen grote effecten op het weer heeft. Warmte en extreme droogte zijn het gevolg. UNICEF vreest dat de weerkundige tegenpool, La Niña, eveneens een bedreiging zal vormen. In dit geval is er sprake van koude die in sommige gebieden, vooral in Azië, zorgt voor zware neerslag.