De belangrijkste thema’s die besproken werden waren de vluchtelingencrisis, Europa en de positie van christenen in het Midden-Oosten. „De Rooms-Katholieke kerk en de andere christelijke kerken kunnen natuurlijk heel goed bestaan naast het islamitische geloof,” meende de minister-president na afloop van de ontmoeting met de paus. „We hebben besproken dat door de strijd in Syrië en de opkomst van ISIS, die we nu aan het terugdringen zijn, christenen daar echter wel gevaar lopen.”

De paus heeft Rutte niet gevraagd naar een specifieke Europese aanpak om het lot van de christenen in het Midden-Oosten te verlichten. „Wel hebben we besproken dat het van belang is dat alle christelijke kerken betrokken zijn, en dat we alles moeten doen om de situatie te stabiliseren.”

Beide mannen spraken ook over de vluchtelingencrisis. „Wat dat betreft hebben we gezegd dat de vluchtelingen die via Griekenland Europa naderen een andere groep zijn dan de degenen die de oversteek naar Italië maken. De vluchtelingen die via Turkije en Griekenland komen, maken grote kans om asiel te krijgen. De andere groep bestaat vooral uit economische vluchtelingen. Wij vinden dat we economische vluchtelingen ook moeten kunnen terugbrengen, zodat we plek houden voor echte vluchtelingen.”

Bij de uitreiking van de Karelsprijs aan de paus afgelopen mei sprak Franciscus strenge woorden over Europa. Het continent zou vermoeid en in zichzelf gekeerd zijn. „Maar in die prachtige toespraak zei de paus ook dat Europa een enorm potentieel heeft. Ik heb hem verteld hoe wij onder andere de strijd tegen de werkloosheid aan het invullen zijn.” Rutte, die hervormd is, sprak zich lovend over de Rooms-Katholieke kerk uit. „Deze wereldwijde organisatie probeert in moeilijke omstandigheden het goede te doen. Kijk naar het Midden-Oosten waar christenen echt gevaar lopen, en waar de Rooms-Katholieke kerk probeert stabiliteit te brengen en de stem van de redelijkheid wil zijn. Paus Franciscus toont zich bescheiden, straalt eenvoud uit en stelt grote wijsheid tentoon. De combinatie van een eeuwenoude en wijdvertakte organisatie met zo’n nummer één, om het zo te zeggen, leidt ertoe dat deze kerk een ongelooflijke impact heeft in de wereld.”

Rutte heeft de paus niet uitgenodigd om een bezoek aan Nederland te brengen. Die taak is voorbehouden aan de bisschoppenconferentie. „Maar als de paus zou komen, dan is hij zeer welkom en maken we er een heel bijzonder bezoek van.”

Rutte sprak ook nog met Pietro Parolin, de staatssecretaris van de Heilige Stoel, feitelijk de tweede man in het Vaticaan. De premier werd tijdens het bezoek vergezeld door Jaime de Bourbon de Parme, Nederlands ambassadeur bij de Heilige Stoel.