Karadzic werd op 21 juli 2008, na dertien jaar op de vlucht, in Belgrado in een stadsbus aangehouden en ruim een week later overgebracht naar de gevangenis in Scheveningen. Hij had al die tijd onder de valse naam Dragan Dabic geleefd en zijn uiterlijk veranderd. In Scheveningen werd hij opgesloten in de speciale VN-vleugel. Zijn proces voor het Joegoslavië-Tribunaal begon op 26 oktober 2009 en eindigde op 7 oktober 2014.

Hij staat onder meer terecht wegens volkerenmoord. Die aanklacht gaat over de gruwelen die in de zomer van 1995 rond het Bosnische Srebrenica zijn gepleegd. De enclave zou worden beschermd door Nederlandse blauwhelmen, maar viel in handen van Bosnisch-Servische troepen. Vervolgens zijn duizenden mannelijke islamitische Bosniërs stelselmatig om het leven gebracht.

De voormalige politicus, dichter en psychiater heeft diverse pogingen ondernomen het proces ongeldig te verklaren en te vertragen. Zo beweerde hij dat zijn overbrenging naar Nederland onwettig was, hij te weinig tijd kreeg om zijn dossier te bestuderen en hij vreesde voor zijn leven. Karadizic verdedigde zichzelf tijdens het proces.

Het tribunaal werd in 1993 opgericht door de Verenigde Naties voor de berechting van ernstige misdaden gepleegd tijdens de afscheidingsoorlogen in het voormalige Joegoslavië die er in de jaren negentig woedden.