De relatie tussen de landen verslechterde in 2010 door de aanval van Israëlische militairen op het internationaal hulpkonvooi Freedom Flotilla. De schepen waren onderweg naar de Gazastrook met hulpgoederen, toen Israëlische commando’s de vaartuigen enterden. Bij de actie vonden negen Turken aan boord van het schip de Mavi Marmara de dood. Later overleed een tiende Turk.

In de overeenkomst staat onder andere dat Israël een compensatiefonds sticht. Turkije zal zijn claims naar aanleiding van de aanval laten varen. Het land eiste onder andere vervolging van betrokken commandanten. De Israëlische premier Benjamin Netanyahu bood Turkije eerder al zijn excuses aan.