Filaret was lange tijd een omstreden geestelijke. In de burgeroorlog tijdens het uiteenvallen van Joegoslavië (1991-1999) zegende hij de wapens van Servische extremisten. De van oorlogsmisdaden verdachte politicus Vojislav Seselj verleende hij recentelijk de orde van de Witte Engel, een hoge kerkelijke onderscheiding. Tegen Seselj loopt een proces wegens oorlogsmisdaden bij het Joegoslavië-Tribunaal in Den Haag. In november werd hij om gezondheidsredenen voorlopig vrijgelaten.

De oproep van de bisschop aan gelovigen de kerk niet te gehoorzamen omdat zij veel te westers georiënteerd zou zijn, werd hem ook niet in dank afgenomen. Servische kranten zinspeelden eind januari al op Filarets ontslag nadat hij Seselj in Mileseva ten zuiden van Belgrado, de onderscheiding had omgehangen.