De radars werden gestoord door een externe bron. De luchtverkeersleiding zou zelf geen last hebben gehad van een technische storing. Door de verstoring kwam belangrijke vluchtinformatie niet binnen. Het gaat daarbij om onder meer de unieke code van het toestel en de vlieghoogte.

De oorzaak van het fenomeen is nog niet bekend. Eerst werd gedacht aan een storing door een NAVO-oefening in Hongarije, maar die bleek op de tijdstippen in kwestie niet te worden gehouden.

Er was volgens de Oostenrijkse luchtverkeersleiding geen sprake van gevaar. Er werden extra luchtverkeersleiders ingezet. Die vroegen via de radioverbinding de posities van de vliegtuigen op. De veiligheidsafstand tussen de vliegtuigen werd vergroot, aldus de Oostenrijkse krant Kurier. De krant zegt de hand te hebben gelegd op een militaire analyse voor de regering in Wenen die minder geruststellend is. Daarin wordt de storing omschreven als „rampzalige gebeurtenis”.