„Het blijkt niet langer haalbaar om met particulier geld onafhankelijk hoogwaardig economisch onderzoek te bekostigen en het maatschappelijk debat aan te jagen”, verklaarde het bureau zijn afscheid. Nyfer heeft tweehonderd onderzoeksrapporten gepubliceerd, artikelen geschreven en debatten, congressen en workshops georganiseerd.

Het sinds 1995 bestaande Nyfer had een tekort aan opdrachten en gebrek aan geld. Eduard Bomhoff richtte de stichting op uit onvrede over de rekenmodellen die het CPB hanteert om de effecten van economisch beleid uit te rekenen. Tijdens zijn periode als minister van Volksgezondheid (2002) stond een meningsverschil over het CPB tussen hem en toenmalig minister Heinsbroek van Economische Zaken aan de basis van de val van het eerste kabinet Balkenende.

Nyfer was gespecialiseerd in onderzoek voor vrijwel alle ministeries, veel grote gemeenten, financiële instellingen en organisaties op het snijvlak van politiek en samenleving.

Een onderdeel van Nyfer blijft bestaan. De afdeling die zich richt op toegepast wetenschappelijk onderzoek wordt omgevormd tot een BV. Verder proberen de medewerkers het jaarlijkse vergelijkend onderzoek onder gemeenten voort te zetten.