Jovic werd in maart 1989 de man uit de deelrepubliek Servië in het presidentschap van de federatie die een afgevaardigde uit elke deelrepubliek telde. Van dit zeskoppige gezelschap werd hij in mei van hetzelfde jaar vice–president en een jaar later president.

Hij bleef dat een jaar, het laatste jaar dat de Socialistische Federale Republiek Joegoslavië (SFRJ) nog bestond. Hij was ondertussen ook anderhalf jaar lang formeel partijleider van de SPS vanaf mei 1991 en daarna, tot eind 1995, vice–voorzitter van deze partij.

Tijdens het uiteenvallen van de Zuid–Slavische federatie op de Balkan maakte Jovic aantekeningen in een dagboek die in 1995 zijn uitgegeven onder de titel De laatste dagen van de SFRJ. Hij schreef verder een boek over de persoon Milosevic, simpelweg Boek over Milosevic genoemd. Jovic ziet Milosevic als de hoofdverantwoordelijke voor het dramatische einde van Joegoslavië en als de man die destijds daadwerkelijk de macht had over de Servische landsdelen van Joegoslavië .

Jovic heeft om de aanklagers en de rechters tijd te besparen een schriftelijke verklaring afgelegd die hij ter zitting bevestigt. Zijn boeken zijn onderdeel van de bewijsvoering van de aanklagers. De laatste wijzigingen in zijn vooraf opgestelde verklaring werden maandagnamiddag nog aangebracht door de aanklagers, tot grote woede van de beklaagde en irritatie bij de magistraten.