Yudhyono heeft de leiding over het onderzoek naar de aanslagen van vorig jaar op Bali en die van afgelopen augustus op het Marriott-hotel in Jakarta, die zijn toegeschreven aan de extremistische groep Jemaah Islamiyah.

„Onze hoogste prioriteit op het gebied van de nationale veiligheid is de strijd tegen gewapend separatisme in Indonesië”, zei Yudhyono. In dit opzicht gaat de grootste militaire dreiging uit van de gewapende rebellen in Atjeh, maar ook in Papoea heeft Indonesië te maken met gewapend separatisme, zei hij.

Ook handhaving van de orde in de aanloop naar de verkiezingen van volgend jaar is een bron van zorg, zei Yudhyono. De Indonesische bevolking mag volgend jaar voor het eerst rechtstreeks de president kiezen; voorheen werd de president gekozen door het parlement. Yudhyono zelf wordt getipt als een potentiële presidentskandidaat.