De van oorsprong Canadese Watson (62) was de grote man achter de organisatie en heeft haar vanaf de oprichting 35 jaar geleden geleid. Niet geheel zonder risico. Hij is meerdere keren aangeklaagd en veroordeeld voor zijn acties tijdens de missies.

Hij heeft vastgezeten in Canada, Noorwegen, Duitsland en zelfs in voorarrest in Nederland. Eind 2012 werd een arrestatiebevel uitgevaardigd door Interpol, omdat hij Duitsland was ontvlucht, terwijl hij op borgtocht vrij was. Hij zat in Duitsland in voorarrest, omdat Costa Rica om zijn uitlevering had gevraagd. Daar zou hij de bemanning van een schip in gevaar hebben gebracht. Watson is persona non grata in IJsland.

Twee van de schepen van Sea Shepherd voeren de Nederlandse vlag. De Japanse overheid heeft er bij de Nederlandse ambassade op aangedrongen de vergunningen van de schepen in te trekken, omdat de organisatie zich actief inzet tegen de Japanse walvisvaart. Nederland heeft er echter voor gekozen dat niet te doen.

Een federaal hof in Amerika maakte volgens Watson voortzetting van zijn werk uiteindelijk onmogelijk. Het hof bepaalde dat de Sea Shepherd ten minste 450 meter van de Japanse walvisvaarders moest blijven. Watson die een Amerikaans paspoort heeft, riskeerde arrestatie als hij zich niet neerlegde bij het dwangbevel.