Een Amerikaans federaal hof verbood in december de organisatie zich binnen 450 meter van Japanse walvisvaarders te bevinden. Sea Sheperd negeerde het dwangbevel aanvankelijk, maar voor Watson leverde dat het gevaar op gearresteerd te worden. Watson heeft een Amerikaans paspoort en kan daardoor bij weigering aangepakt worden wegens minachting van het hof.

Uit de statement van Paul Watson blijkt dat de gerechtelijke uitspraak de voornaamste reden van zijn aftreden is. „Sinds de oprichting van Sea Shepherd 35 jaar geleden heb ik ernaar gestreefd geweldloos en binnen de wet te handelen. Ik heb me in mijn leven nooit schuldig gemaakt aan een misdrijf, daarom moet ik me aan de uitspraak van het federale hof houden.”

De internationale politieorganisatie Interpol vaardigde in augustus al een opsporingsbevel tegen hem uit. Hij was in Duitsland op borgtocht vrijgelaten. Daar was hij aangehouden wegens een uitleveringsverzoek van Costa Rica. Dat land wil hem berechten, omdat hij de bemanning van een schip in gevaar zou hebben gebracht. Voordat de Duitse rechter uitspraak kon doen, verliet de van oorsprong Canadese milieuactivist het West-Europese land.

Volgens Geert Vons, vertegenwoordiger van Sea Shepherd Nederland, heeft het aftreden van Watson geen gevolgen voor de activiteiten van de organisatie. „De organisatie is dusdanig gegroeid dat we gewoon door kunnen gaan met de campagne. We hebben genoeg kapiteins en andere mensen die de leiding over kunnen nemen.”