De kerk van de protestantse gemeente Apeldoorn werd op 12 mei 1937 in aanwezigheid van koningin Wilhelmina in gebruik genomen.

De jaren voorafgaand aan de voltooiing van de kerk hield de hervormde gemeente verschillende bazaars om de bouw te bekostigen. Koningin Wilhelmina bezocht deze en kocht verschillende artikelen om aan de kerkbouw bij te dragen. De eerste predikant van de kerk was ds. J. F. Berkel, die later werkzaam zou zijn als hofpredikant van het Koninklijk Huis.

Het bedehuis werd ontworpen door architect J. H. Klosters, die ook huizen in de Apeldoornse Parkenbuurt ontwierp. In 2002 onderging de Wilhelminakerk een grondige restauratie.

Op dit moment belegt de gemeente (wilhelminakerk.com) iedere zondagochtend diensten. Wijkpredikant van de Wilhelminakerk is ds. S. H. Muller.