Nikolic legde in 2003 als eerste Bosnisch-Servische officier een schuldbekentenis af voor het tribunaal. Hij betuigde spijt voor de massamoord op zeker 7000 moslims. Nikolic heeft naar eigen zeggen zelf deelgenomen aan vergaderingen met Mladic waar werd beslist over het lot van de moslimbevolking van Srebrenica.

Toen Nikolic hoorde van het plan om de moslimmannen te vermoorden, verzette hij zich niet. Integendeel, hij hielp bij de keuze van massaexecutieplaatsen. In de maanden na de genocide coördineerde Nikolic het opgraven van de massagraven. De lijken van de moslims werden op afgelegen plaatsen herbegraven om bewijs van de genocide te verdoezelen.

Nikolic betuigde in 2003 spijt voor zijn daden. Hij zit een celstraf uit van 20 jaar.