Magnitski was aangeklaagd voor belastingfraude, nadat hij overheidsfunctionarissen had beschuldigd van miljoenenfraude. Hij werd gearresteerd en overleed in 2009 op 37-jarige leeftijd in de gevangenis. De gevangenisartsen zouden hem medische hulp hebben geweigerd. Volgens een onderzoeksrapport is hij overleden na „doelbewuste en onmenselijke veronachtzaming.” Experts menen dat hij ook is mishandeld.

Volgens het Kremlin’s Human Rights Council leed Magnitski aan alvleesklierontsteking en galstenen. Ook zou hij gevonden zijn met gebroken vingers. De organisatie denkt dat hij is doodgeslagen.

Litvinova was de hoofdarts in de Butyrkagevangenis in Moskou toen Magnitski er overleed. Volgens beleggingsfirma Hermitage Capital, waarvoor Magnitski werkte, werd hij op 7 oktober 2009 meteen onder haar zorg geplaatst, maar „weigerde zij alle medische zorg.”