De 56-jarige Wibowo leidde in 1999 de militaire elite-eenheid Kopassus. Die eenheid is beschuldigd van mensenrechtenschendingen in Oost-Timor nadat de bevolking van dit gebied in 1999 in een referendum had gekozen voor een toekomst buiten Indonesië.

In die periode werd ook de Nederlandse journalist Sander Thoenes in Oost-Timor vermoord. Hij werd op 21 september in een buitenwijk van de hoofdstad Dili door motorrijders in uniformen van het Indonesische leger achtervolgd en beschoten. Volgens de Verenigde Naties waren twee Indonesische militairen verantwoordelijk voor de moord op Thoenes, maar ze zijn nooit berecht.

„Hij valt in een grijs gebied”, zei mensenrechtenactivist Haris Azhar over Wibowo. Volgens Azhar is onduidelijk of Wibowo betrokken is geweest bij de mensenrechtenschendingen in Oost-Timor omdat daar nooit onderzoek naar is gedaan.

Directeur Al Araf van de mensenrechtenbeweging Imparsial zei dat Yudhoyono zich met de benoeming van zijn zwager tot legerleider aan nepotisme heeft schuldig gemaakt. Volgens Araf is de positie van de president de afgelopen tijd zwakker geworden. „Dit besluit van de president toont aan dat de president loyale personen nodig heeft om het leger te controleren”, zei Al Araf.

Yudhoyono werd in 2004 tot president van Indonesië gekozen. In 2009 werd hij herkozen. Volgens de grondwet kan hij in de verkiezingen van 2014 niet opnieuw een gooi naar het presidentschap doen.

Wibowo is als legerleider de opvolger van generaal George Toisutta. Die gaat met pensioen.