Bashir wordt ervan beschuldigd dat hij met een terreurcampagne de Indonesische regering omver wilde werpen en een islamtische staat stichten. De Jamaah Islamiyah zit vermoedelijk achter de bomaanslagen op Bali, die in oktober vorig jaar 202 mensen het leven kostten. Daarop heeft de aanklacht tegen Bashir echter geen betrekking.

De islamitische geestelijke wordt wel persoonlijk verantwoordelijk gehouden voor een serie aanslagen op kerken tijdens kerstavond 2000, waardoor negentien doden vielen. Hij wordt ook beschuldigd van het geven van zijn ’zegen’ aan andere geplande terroristische aanslagen tegen westerse doelen in Zuidoost-Azië, waaronder een verijdelde bomaanslag in Singapore in 2001. Verder gaat de aanklacht over overtreding van de immigratiewet, vervalsing van documenten en het afleggen van valse verklaringen tegen de politie.

Rond het proces gelden strenge veiligheidsmaatregelen genomen. Zo doorzocht een team explosievendeskundigen de rechtszaal voor het begin van de zitting en waren ongeveer vijfhonderd extra politiemensen ingezet. Alle toehoorders waren door metaaldetectorpoortjes binnengekomen en gefouilleerd. De zitting werd gehouden in een grote hal van het Bureau voor Meteorologie en Geofysica, waarin honderden mensen kunnen.

Toen de 64-jarige verdachte de rechtszaal binnenkwam, ging een oorverdovend „Allahu Akbar” (God is groot) op uit het publiek, meldde de Jakarta Post. Bashir heeft een grote aanhang, vooral onder de leerlingen van de Islamitische kostschool op Java die hij heeft opgericht.

Als Bashir schuldig wordt bevonden, kan hij tot levenslang krijgen. Bashir ontkent alle beschuldigingen en heeft steeds gezegd dat Jamaah Islamiyah niet eens bestaat. Het proces kan maanden gaan duren.