Volgens de mensenrechtenorganisatie zijn gevangenen geslagen met kabels en brandslangen, zijn er botten van ingezetenen gebroken en gaten in de lichamen van gevangenen geboord. Een man was bijvoorbeeld zo hard geslagen dat zijn ribben waren gebroken en zijn lever beschadigd. Hij overleed in februari aan de gevolgen van interne bloedingen.

Het rapport van Amnesty heet Nieuwe orde, zelfde schendingen in een kennelijke verwijzing naar de wrede dictatuur van Saddam Hussein (1979-2003). De Iraakse onderminister van Justitie Busho Ibrahim deed het document echter af als „ongefundeerd”. Volgens een woordvoerder van het Amerikaanse leger worden de gevangenissen veelvuldig gecontroleerd en voldoen ze aan internationale maatstaven.

Binnen de gefragmenteerde Iraakse justitie runnen de ministeries van Justitie, Binnenlandse Zaken en Defensie elk hun eigen gevangenissen. Amerikaanse diplomaten hebben in het verleden gezegd dat veroordelingen voor een groot deel afhangen van bekentenissen, en minder van bewijs.

Amnesty bekritiseerde ook de Verenigde Staten voor het overhandigen van enkele duizenden gevangenen aan Iraakse justitie „zonder dat zij de garantie kregen dat zij niet slecht behandeld of gemarteld zouden worden”.

Mensenrechtenorganisatie Human Rights Watch stelde in april dat Iraanse mannen werden geslagen, geëlektrocuteerd en verkracht in een geheime gevangenis in Bagdad. Iraakse parlementsleden riepen enkele maanden daarna op tot een onafhankelijk onderzoek naar misstanden in gevangenissen. Amnesty stelt nu dat resultaten van onderzoeken naar mishandelingen niet openbaar zijn gemaakt. Ook zouden verantwoordelijken niet voor de rechter zijn gebracht.