Ioannidis zat achter de staatsgreep van 15 juli 1974 tegen de president van Cyprus, aartsbisschop Makarios. De staatsgreep leidde ertoe dat het Turkse leger het eiland binnenviel. Sindsdien is Cyprus verdeeld in een Grieks en Turks deel. Kort na de staatsgreep tegen Makarios was de dictatuur in Griekenland voorbij.

Nadat kolonels op 21 april 1967 de macht hadden gegrepen en een einde aan de democratie in het Zuid-Europese land hadden gemaakt, bleef Ioannidis aanvankelijk op de achtergrond. Hij was hoofd van de beruchte militaire politie ESA, die honderden tegenstanders van de dictatuur folterde. Ioannidis was er medeverantwoordelijk voor dat de opstand van studenten aan de Polytechnische Universiteit in Athene in november 1973 bloedig werd neergeslagen. Enkele dagen daarna zette hij George Papadapoulos af als leider van het bewind.

Ioannidis werd zondagavond met een longkwaal uit de gevangenis overgebracht naar een ziekenhuis in Nikaia, een voorstad van Athene. Hij zat een levenslange gevangenisstraf uit, nadat hij in 1975 aan hoogverraad schuldig was bevonden. Hij was ter dood veroordeeld, maar de straf werd omgezet in levenslang.

Ioannidis heeft nooit berouw willen tonen voor de misdaden tijdens de militaire dictatuur. Hij weigerde de democratische regering om gratie te vragen. De kans dat hij dan was vrijgelaten, was gelet op zijn leeftijd groot.