De Amerikanen beschouwden hem al bij zijn arrestatie als het werkelijke brein achter de aanslagen van 11 september 2001 en ze hadden 25 miljoen dollar op zijn hoofd gezet. Mohammed had volgens terrorisme-experts kennis van vrijwel alle activiteiten van al-Qaida (De Basis), maar ook van plannen voor nieuwe aanslagen.Khalid Sheikh Mohammed werd geboren in 1964 of 1965 in Koeweit. Zijn familie komt evenwel uit Baluchistan, een van de twee Pakistaanse provincies die aan Afghanistan grenzen. Hij studeerde in de Verenigde Staten aan een landbouw-technische universiteit.

Aan het einde van de jaren tachtig verkeerde hij in Arabische kringen in de Pakistaanse stad Peshawar, waar hij in contact kwam met Bin Laden. Samen met zijn broers speelde Mohammed al snel een belangrijke rol in het vanuit Peshawar geleide verzet tegen de Russische bezetting van Afghanistan.

Mohammed verlegde zijn basis uiteindelijk naar de Pakistaanse havenstad Karachi. Daar zou Mohammed zijn begonnen met het plannen van ’operaties’ in andere delen van de wereld. Hij begon mannen te rekruteren voor de jihad, de heilige oorlog.

Sindsdien werd Mohammed in verband gebracht met tal van aanslagen of pogingen daartoe. Internationale veiligheidsdiensten hadden intussen al hun oog op Mohammed laten vallen.

Volgens het Pentagon heeft Mohammed na zijn arrestatie toegegeven dat hij van A tot Z betrokken was bij de aanslagen van 11 september 2001 in de VS. Die ’operatie’ kostte uiteindelijk circa drieduizend mensen het leven. Ook zou hij hebben gezegd dat hij bij circa dertig andere complotten was betrokken, zoals aanslagen in Groot-Brittannië en de ontvoering van en de moord op de Amerikaanse journalist Daniel Pearl in Karachi in 2002.