Abdullah was vijf jaar lang, van 2001 tot 2006, minister van Buitenlandse Zaken onder zijn tegenstrever. Drie jaar geleden werkte Karzai Abdullah om dubieuze redenen weg. De ex–minister groeide uit tot een van de felste tegenstanders van de president.Abdullah hamert vooral op de corruptie in de kring rond Karzai en op het onvermogen van de president om de opstand van de Taliban te bedwingen. Daardoor is de bevolking vervreemd van de westersgezinde machthebbers en groeit de steun voor de opstandelingen, aldus Abdullah.

Abdullah werd in 1960 geboren als zoon van een hoge regeringsfunctionaris. Hij studeerde in 1983 af als oogarts aan de Universiteit van Kabul. Door de bezetting van Afghanistan door de Sowjet–Unie vluchtte hij al snel naar Pakistan. Hij werkte in vluchtelingenkampen en kwam in contact met Ahmed Shah Massoud. Die leidde een rebellenbeweging, die in het Westen de Noordelijke Alliantie werd genoemd.

Abdullah en Massoud streden niet alleen tegen het Rode Leger, maar later ook tegen de Talibanbeweging, die in 1996 een radicaalislamitisch bewind vestigde in Afghanistan. Omdat Abdullah als een van de weinigen onder de rebellen Engels en Frans sprak, was hij hun ’minister van Buitenlandse Zaken’.

Massoud werd op 9 september 2001 vermoord. Twee dagen later volgden de terreuraanslagen in de Verenigde Staten, waarna de Amerikanen de jacht op de Taliban en terreurnetwerk al–Qaeda openden. Binnen enkele maanden viel het Talibanregime.

Met westerse steun werd Karzai, een nagenoeg onbekende ambtenaar, president van een overgangsregering. Abdullah, het nieuwe kopstuk van de Noordelijke Alliantie, werd benoemd tot minister van Buitenlandse Zaken. Na de eerste presidentsverkiezingen in de geschiedenis van het land, in 2004, bleef hij in functie, tot hij in 2006 de laan uit werd gestuurd.