De betrokkenheid van de Pakistaanse geheime dienst zou naar voren zijn gekomen uit de verklaringen die vier zaterdag gearresteerde personen hebben afgelegd. De aanslag was volgens de politie in New Delhi het werk van Lashkar-e-Tayyaba en Jaish-e-Mohammed, de meest gevreesde van de militante moslimbewegingen die vechten voor de afscheiding van het Indiase deel van Kashmir. De leiders van deze organisaties, respectievelijk Zaki-ur Rehman en Masood Azhar, bereidden de aanslag voor „op aanwijzing van de ISI”, zei de hoofdcommissaris van de politie van New Delhi, Ajay Raj Sharma. Azhar werd twee jaar geleden door India vrijgelaten in ruil voor de passagiers van een door moslimrebellen gekaapt vliegtuig.

Volgens Sharma werd Mohammad Afzal van Jaish, die leiding zou hebben gegeven aan de aanslag, getraind door de ISI.

„De connectie met de ISI is overduidelijk. Deze mensen (die zaterdag zijn gearresteerd, red.) hebben niet gezegd dat Pakistan ervan wist, maar wat wij aan de weet zijn gekomen toont aan dat de ISI er iets mee te maken had en als de ISI erbij betrokken was dan zou Pakistan daarvan af moeten weten”, aldus Sharma. De Pakistaanse minister van Informatie Anwar Mahmood heeft betrokkenheid van de ISI bij de aanslag zondag tegengesproken. Pakistan heeft de aanval op het Indiase parlement in een officiële reactie veroordeeld.

India heeft geëist dat Pakistan de leiders van Lashkar en Jaish arresteert, de tegoeden van de organisaties bevriest en de trainingskampen die de organisaties in Pakistan zouden hebben ontmantelt. De verantwoordelijkheid voor de aanslag is niet opgeëist en Pakistan en Lashkar ontkennen elke betrokkenheid.

De Pakistaanse president Pervez Musharraf waarschuwde India zaterdag geen onbezonnen actie tegen zijn land te ondernemen. Hij zei dat Pakistan zal meewerken aan het opsporen van militanten, als er bewijzen zijn van hun betrokkenheid bij de aanslag.

Het Pakistaanse leger heeft de bewaking van de grens met India na de aanslag van donderdag opgevoerd.

Een van degenen die zaterdag werden gearresteerd is de Arabist Syed Abdul Rehman Gilani, die de politie vertelde dat twee moslims uit Kashmir, Mohammed Afzal en Shaukat Hussain, de aanslag hadden gecoördineerd. Daarop werden ook deze Afzal en Hussain, die enkele uren na de aanslag uit New Delhi vluchtten, opgepakt. Het tweetal voorzag de daders van de aanslag van halfautomatische geweren, granaten, granaatlanceerders en ontstekers, aldus de politie.