September 2001: Onbekenden stellen in een brief dat er aanslagen gepleegd zullen worden op tunnels in Amsterdam en Rotterdam. Speciale eenheden van politie en leger blokkeren de Benelux– en de Botlektunnel bij Rotterdam en de Coen– en Zeeburgertunnel bij Amsterdam. Scherpschutters stonden klaar om auto’s die door de wegblokkades heen wilden breken, tegen te houden. Er gebeurde echter niets en er zijn ook nooit verdachten voor aangehouden.November 2004: Cineast Theo van Gogh wordt in Amsterdam op straat vermoord door Mohammed B., uit terroristische motieven. B. wordt later veroordeeld tot levenslange gevangenisstraf wegens deze moord, poging tot moord op een aantal politieagenten en het belemmeren van Tweede Kamerlid Ayaan Hirsi Ali in haar werkzaamheden.

November 2004: In de Haagse Antheunisstraat wil een arrestatieteam Jason W. en Ismael A. aanhouden omdat zij terroristische aanslagen aan het plannen zouden zijn geweest. Een van hen gooit een handgranaat, waardoor diverse politiemensen gewond raken. Na een urenlange belegering werden de twee aangehouden.

Juni 2005: De politie arresteert Samir A. voor de tweede keer op verdenking van de voorbereiding van aanslagen in Nederland op onder meer de Tweede Kamer, de kerncentrale in Borssele en het toenmalige gebouw van de AIVD in Leidschendam. A. werd al in 2003 samen met vier medeverdachten aangehouden, ook wegens het voorbereiden van aanslagen.

Maart 2008: Het verblijf van een 26–jarige Pakistaanse terreurverdachte is voor de Nationaal Coördinator Terrorismebestrijding aanleiding het dreigingsniveau te verhogen naar substantieel, het op één na hoogste niveau. De man is vrijgelaten wegens gebrek aan bewijs en in juni weer gearresteerd en uitgeleverd aan Spanje. Er waren geen aanwijzingen dat de man betrokken was bij de voorbereiding van aanslagen in Nederland. Het netwerk waar hij deel van zou uitmaken, had wel voorbereidingen getroffen voor een aanslag in Barcelona.