Hanke, bisschop van het Beierse bisdom Eichstätt, verwijt Merkel dat zij de integriteit van de Duitse paus ter discussie stelt. Het is „onbegrijpelijk en stuitend dat zelfs de Duitse bondskanselier van de paus heldere woorden verlangt op een terrein waarin juist paus Benedictus XVI altijd ondubbelzinnig is geweest", zei Hanke woensdag.Ook de Beierse christendemocratische Europarlementariër Bernd Posselt had kritiek. Merkel moet zich niet als leermeester van de paus opwerpen, maar kan zich beter inzetten voor de doorvoering van de christelijke principes in bijvoorbeeld het gezinsbeleid en de bescherming van het menselijke leven, zei Posselt.

De meeste reacties in Duitsland op Merkels oproep zijn echter positief. Directeur Stephan Kramer van de Centrale Raad van de Joden prees de bondskanselier om haar discretie en verantwoordelijkheidsgevoel. Hij wil dat de Duitse bisschoppen en de paus samen met de raad, het belangrijkste joodse orgaan in Duitsland, de zaak bespreken.

Ook de behoudende bisschop van Berlijn, Georg Sterzinsky, stelde zich in het boulevardblad Bild achter Merkel op. Hij vindt het besluit om de excommunicatie van Williamson op te heffen onjuist. „Het moet worden rechtgezet". Als het Vaticaan een fout heeft gemaakt, moet het zijn excuses aanbieden, vindt Sterzinsky. In het commentaar in Bild wordt de schuld niet bij Benedictus XVI gelegd, maar bij zijn adviseurs. „Heilige Vader, ik bad gisteren voor u in mijn favoriete kerk. Ik koester geen wrok tegen u of tegen God. Maar ik bad ook dat God al uw stafmedewerkers zal straffen", staat in het commentaar.