Enkele uren na de aftocht van de Ethiopïers trokken strijders van de beweging al-Shabaab Baidoa binnen. Zij bezetten ook de luchthaven en rukten op naar het huis van de president. De Verenigde Staten beschouwen al-Shabaab als een terreurorganisatie.De Ethiopische militairen verlieten het buurland na een interventie van ruim twee jaar. Zij hielpen de zwakke Somalische interim-regering bij haar strijd tegen islamitische milities.

De Ethiopiërs verdreven de milities uit de hoofdstad Mogadishu. De milities, die het grootste deel van Zuid-Somalië onder controle hebben, begonnen vervolgens een guerrillaoorlog tegen het regeringsleger en de Ethiopische troepen. De gevechten in Somalië hebben aan meer dan 16000 Somalische burgers het leven gekost. Ruim een miljoen mensen sloegen op de vlucht.

Onlangs besloot Ethiopië zijn drieduizend militairen terug te trekken. De regering in Addis Abeba vond de operatie te duur. Ook was ze het voortdurende geruzie beu binnen de door de Verenigde Naties erkende en door het Westen gesteunde Somalische overgangsregering.

Somalië verkeert sinds 1991 in anarchie.