In de laatste van een reeks openbare colleges aan de Protestantse Theologische Universiteit (PThU) in Kampen over de geloofsbeleving van negentiende-eeuwse voormannen, typeerde prof. dr. J. Hoek de confessionele theoloog Hoedemaker donderdagavond als iemand die -wars van partijvorming- streed voor eenheid en herstel van de volkskerk. Juist vanwege zijn hechte verbondenheid met de kerk, onttrok hij zich tijdens zijn hele leven aan georganiseerde verbanden. „Met alle geweld” probeerde hij boven de partijschap -in zijn ogen duivelse en verderfelijke misleiding- uit te komen. Ook de Confessionele Vereniging, waarvan hij een aantal jaar voorzitter was, verliet hij. Het gaat immers om het recht van de waarheid, vond Hoedemaker. Niet om het recht van de meerderheid.Uiteindelijk, zo vatte prof. Hoek samen, voelde Hoedemaker zich beter thuis in een profetische rol tegenover de partijen. Een eenzame positie. Hij was een onbegrepen denker.

Ook in de vriendschap met Kuyper ontstaat verwijdering. Kuyper stuurt aan op een breuk met de Hervormde Kerk, Hoedemaker wil deze trouw blijven. Na de Doleantie verlaat Hoedemaker in 1887 de theologische faculteit van de VU, waar hij zeven jaar eerder aarzelend een leerstoel aanvaardde.

Als Abraham Kuyper rond 1886 zeer denigrerend schrijft over wie zouden achterblijven in de Hervormde Kerk, komt Hoedemaker in het geweer. Kuyper schrijft over dat „ongure en ketterse gebroed”, „voor verreweg het merendeel bestaande uit Jan Rap en zijn maat, uit straatslijpers en komediegangers, uit stoïcijnse filosofen en onaandoenlijke Nutslieden.” Over het moment dat hij deze „onschriftuurlijke, hatelijke” woorden leest, schrijft Hoedemaker later: „Toen jubelde het in mijn ziel: dat duldt Gods glorie niet. Zóó is God niet aan zijne belijders of aan eenigen leeraar gebonden. Van toen af was de zaak der Kerk voor mij Gods zaak. (…) God lof! Van nu aan behoor ik bij Jan Rap en zijn maat.”

Hoedemaker kan de Hervormde kerk niet verlaten, omdat hij met haar de historie prijsgeeft. Hij gelooft dat God Zijn kerk niet verlaat zolang zij de belijdenis niet openlijk verloochent en niet verbiedt Hem naar Zijn Woord te dienen.

Grondvlak
De partijschappen in de kerk wijt de confessionele voorman aan de synodale organisatie van 1816. Aan het kerkbestuur, dat inzake het belijden de boot afhield en de leervrijheid beschermde. „Hartstochtelijk getuigt hij hier tegen”, aldus prof. Hoek. „Scherp heeft hij ingezien dat zo niet alleen de confessie wordt verwaarloosd, maar vooral Christus als de Koning van de kerk wordt miskend. De eenheid wortelt op deze wijze niet meer in Christus als het Hoofd van het lichaam. Het gemeenschappelijke belang valt weg als het lichaam van Christus geen eenduidige waarheid belijdt. Zo ontstaat verdeeldheid en kan het Woord van God niet de doorslag geven. Door toepassing van de in de belijdenis opgesloten beginselen, wordt Gods recht op ieder gehandhaafd en komt er echte ruimte voor ieder.”

Hoedemaker schreef in ”Heel de kerk en heel het volk”: „Het recht van God is ook het recht van de waarheid en niet het recht van de meerderheid.” Hij pleitte voor een Bijbelse bestuursvorm waarin het grondvlak van de kerk zich kan uitspreken.

Merkwaardig genoeg vond Hoedemaker niet dat Kuyper te ver ging door de kerk te verlaten, maar dat hij niet ver genoeg ging, merkte prof. Hoek donderdagavond op. „Kuypers reformatiepoging brengt geen reformatie, stelde Hoedemaker, maar de eenheid van de volkskerk wordt gebroken. De kerk die onlosmakelijk verweven is met de geschiedenis van het volk, is juist cruciaal om het theocratisch ideaal te verwezenlijken.”

Hoedemaker droomde van een theocratie. Kuypers pleidooi voor een neutrale staat was in zijn ogen „erger dan volksmisleiding”, aldus prof. Hoek. Scherp kant Hoedemaker zich dan ook tegen het gravamen dat Kuyper indient tegen de passage in artikel 36 van de Nederlandse Geloofsbelijdenis over het weren en uitroeien van de valse godsdienst en het neerwerpen van het rijk van de antichrist. Prof. Hoek: „Deze passage geeft juist aan dat de overheid niet neutraal kan zijn en dat Nederland om historische redenen een protestantse natie behoort te zijn.” Samenwerking met Rome was daarom „uiterst problematisch” voor Hoedemaker.

In het ideale Nederland van Hoedemaker, zo zei de hoogleraar, zou wel godsdienstvrijheid heersen. Blasfemie zou verboden worden.