De Verenigde Naties hebben dat bekendgemaakt. Het is voor het eerst dat er iemand is aangeklaagd in verband met de moord op Thoenes. De aangeklaagde militairen, majoor Jacob Sarosa en luitenant Camilo dos Santos, maakten deel uit van bataljon 745, dat in september 1999, nadat de bevolking van Oost-Timor voor onafhankelijkheid had gekozen, aan het moorden sloeg in het eilanddeel. Thoenes, die onder meer voor Vrij Nederland en de Financial Times werkte, was op 21 september het laatste slachtoffer van het bataljon, meldden de VN.

De aanklacht is ingediend door de afdeling ernstige criminaliteit van de VN. Indonesië heeft steeds gezegd te weinig bewijzen te hebben om iemand aan te klagen voor de moord op Thoenes.

Volgens VN-aanklager Stuart Alford toont de moord op Thoenes aan dat het Indonesische leger actief aan het moorden was in Oost-Timor, ook zonder hulp van de plaatselijke pro-Indonesische milities. Volgens de VN was bataljon 745 een wrede bende van militairen die op 20 en 21 september een spoor van moorden trokken, vlak voor ze zouden worden teruggeroepen uit Oost-Timor. Dos Santos, de bataljonscommandant, en Sarosa, een pelotoncommandant, zijn aangeklaagd op verdenking van zeventien gevallen van misdaden tegen de menselijkheid, waaronder veertien moorden. Een daarvan is de moord op Thoenes.

Het is nog onduidelijk of de twee daadwerkelijk voor een rechtbank zullen verschijnen.