Er bestaan veel verschillende soorten probiotische bacteriën. De meeste zijn zogenoemde lactobacillen of bifidobacteriën.De bekendste probiotica zijn waarschijnlijk de Lactobacillus casei Shirota en Lactobacillus rhamnosus Goldin and Gorbach (LGG). Er zijn nog duizenden andere bacteriën die de gezondheid mogelijk bevorderen. Maar die zijn volgens het Voedingscentrum nog niet goed onderzocht.

Behalve probiotica bestaan er ook prebiotica en synbiotica. Prebiotica zijn meestal onverteerbare koolhydraten (voedingsvezel). Hoewel ze onverteerbaar zijn, kunnen ze wel in de dikke darm worden afgebroken. Hierbij ontstaan bepaalde stoffen die de darmpassage versnellen. Ook stimuleren deze stoffen de groei van lactobacillen en bifidobacteriën in de dikke darm. Daarom kunnen ook prebiotica belangrijk zijn voor gezonde darmen. Synbiotica zijn producten waar probiotica en prebiotica in zitten.