Rotterdam moet nu hard aan de slag om het plan aan te passen en de kosten te drukken. De ministeries van Verkeer en Waterstaat en Ruimtelijke Ordening zijn het niet eens over onder meer de berekening van de kosten die de gemeente heeft gemaakt. Rotterdam denkt aan 1,5 miljard terwijl de raming van het rijk uitkomt op ongeveer 2,7 miljard. Het rijk verwijt de gemeente onder meer dat zij in het Masterplan CS te weinig geld beschikbaar heeft gesteld voor eventuele tegenvallers.

Hoewel beide ministeries het idee als „aantrekkelijk en spectaculair” omschrijven, plaatst het rijk toch vraagtekens bij de haalbaarheid van de bebouwing. Vooral als het gaat om de veiligheid.

In het Masterplan CS zijn kantoorgebouwen gepland dicht tegen het spoor. Aangezien over de railverbining ook gevaarlijke stoffen worden vervoerd, acht het rijk „het beslist niet onmogelijk dat dit uiteindelijk een negatief effect heeft op de vastgoedpotenties (en daarmee de economische baten) en/of de uitvoeringskosten van het masterplan.”