Vooral de SP vindt het onterecht als de lightrailverbinding eventueel via een ander tracé toch door stad gaat. Oorspronkelijk was er sprake van dat de lightrailverbinding door de belangrijkste winkelstraat van Leiden, de Breestraat zou lopen. Op 7 maart heeft de Leidse bevolking zich in een referendum uitgesproken tegen de RijnGouwelijn door de binnenstad. Daarbij is niet gevraagd naar een tracé, zodat de uitleg van het referendum niet eenduidig is.De provincie Zuid-Holland dreigde na het referendum de lightrailverbinding toch door te drukken. Onder druk van de provincie lijkt het college van Leiden nu een ander tracé, namelijk over de Hooigracht en de Langegracht, te willen aanvaarden.

PvdA en GroenLinks zijn oorspronkelijk vóór de RGL en kunnen zich vinden in dit plan. Van der Kraats van de SP verklaarde echter dat dit geen recht doet aan de uitslag van het referendum. In een kort persbericht verklaarden de coalitiefracties dat het college in onderhandeling moet blijven met de provincie. Het eindresultaat wordt vervolgens door de vier fracties gewogen.

De Haan (CDA) vindt het opvallend dat de onderhandelingen doorgaan. „Als de wethouder mag onderhandelen, betekent dat in feite dat de coalitie het tracé over de Hooigracht/Langegracht wel een optie vindt.” Hij is van mening dat ChristenUnie en SP nu niet moeten gaan draaien, maar vreest dat dit al is gebeurd.

Terpstra (ChristenUnie) ontkent dit. „Een ander tracé doet zeker niet zonder meer recht aan de uitslag van het referendum. Als de RijnGouwelijn over de Hooigracht moet, voorzie ik heel wat problemen. In dit stadium is het allemaal nog koffiedik kijken.”