Stroomafwaarts van Belgrado en Boedapest bevat de rivier veel stikstof en fosfor, een teken dat de waterzuivering in beide steden te wensen overlaat. In de Bulgaarse aftakkingen de Iskar, Rusenski Lom en Timok bevat het water veel zware metalen. In het water van de zijrivier de Sava in Joegoslavië troffen de onderzoekers hoge concentraties aan van het bestrijdingsmiddel atrazine. Lage doses leiden er al toe dat kikkers meerdere geslachtsorganen ontwikkelen, soms zowel mannelijke als vrouwelijke.

De Donau ontspringt in het zuidoosten van Duitsland en mondt in Roemenië uit in de Zwarte Zee. De rivier is 2.857 kilometer lang en stroomt door een tiental landen. De onderzoekers komen tot hun conclusie op basis van meer dan 40.000 water-, modder- en andere monsters, afkomstig van ongeveer honderd plaatsen in de rivier.