Waldheim was van 1972 tot 1981 secretaris-generaal van de Verenigde Naties en van 1986 tot 1992 president van Oostenrijk. Zijn verdiensten voor de publieke zaak werden evenwel volledig overschaduwd door onthullingen dat hij tot een Duitse legereenheid had behoord die in de Tweede Wereldoorlog wreedheden had begaan op de Balkan. De feiten kwamen aan het licht toen hij zich in 1986 kandidaat stelde voor het presidentschap. Desondanks werd hij gekozen.Hoewel niet kon worden bewezen dat Waldheim persoonlijk aan de wreedheden had deelgenomen, werd hem verweten dat hij de hele episode had ontkend en, toen hij er niet meer onderuit kon, had gezegd dat hij en de andere militairen slechts hun plicht hadden gedaan. Voor de Amerikaanse regering was dat voldoende reden hem op een lijst te plaatsen van personen die niet welkom zijn in de Verenigde Staten. Het verbod werd nimmer opgeheven.

Waldheims presidentschap leidde binnenlands tot een schadelijke controverse en beschadigde de reputatie van Oostenrijk in het buitenland. Het land werd tijdens Waldheims termijn praktisch in de ban gedaan door andere staats- en regeringsleiders.

In februari 1988 onderzocht een door de regering benoemde internationale commissie van zes geschiedkundigen Waldheims oorlogsverleden. De commissie constateerde dat Waldheim zelf geen oorlogsmisdaden had gepleegd, maar maakte tevens duidelijk dat zijn optreden in de oorlog verre van zuiver was geweest. Een van de conclusies luidde dat Waldheim op de hoogte was van de wreedheden die door de nazi’s op de Balkan werden begaan, maar dat hij nimmer iets had ondernomen om ze te voorkomen.

Waldheim liet in zijn officiële biografie noteren dat hij in 1941 aan het Russische front gewond was geraakt en naar Oostenrijk was teruggekeerd om zijn studie te vervolgen. Pas na hevig onder druk te zijn gezet erkende hij dat hij in april 1942 was overgeplaatst naar de Balkan. Daar was hij in het Griekse Arsakli werkzaam als tolk. Vervolgens werd hij in april 1943 plaatsvervangend adjudant van Legergroep E, departement I-C. Zijn eenheid stond onder bevel van generaal Alexander Löhr, die later in Joegoslavië wegens oorlogsmisdaden werd geëxecuteerd.

Het World Jewish Congress publiceerde documenten waaruit bleek dat Waldheims eenheid partizanen en burgers had vermoord. Enkele documenten droegen de handtekening van Waldheims of diens initialen. Waldheim hield evenwel staande dat hij louter de authenticiteit van de documenten had bevestigd en nooit enige order had gegeven.

Joegoslavische kranten onthulden dat Waldheims naam voorkomt op een lijst van Duitse officieren die deelnamen aan de beruchte Kozara-operatie, waarbij 68.000 doden zouden zijn gevallen, onder wie 23.000 kinderen. Waldheim zei aanvankelijk dat hij achter de linies actief was geweest; later trok hij dit in en zei dat hij zich in de geografie had vergist.

De Oostenrijkse president Heinz Fischer bracht gisteren in een verklaring zijn condoleances over aan de familie en de vlag van zijn kantoor werd halfstok gehangen. Ook de secretaris-generaal van de VN, Ban Ki Moon, condoleerde de familie.

Voormalig bondskanselier Wolfgang Schüssel prees Waldheim en zei dat hij was getekend door bittere persoonlijke ervaringen, doordat hij „ten onrechte was geassocieerd met oorlogsmisdadigers.” Schüssel zei ook te hopen dat Waldheims critici zich „ten minste in dit uur” zullen inhouden.