Justitie beschuldigt hem onder meer van omkoping, fraude, verduistering, witwaspraktijken en belemmering van de rechtsgang. Een federale onderzoeksjury stelde uiteindelijk een zestien punten tellende aanklacht op tegen Jefferson. Indien schuldig bevonden op alle punten kan de straf in het ergste geval voor Jefferson oplopen tot boven de tweehonderd jaar cel.De nu zestigjarige afgevaardigde zou volgens de aanklacht op een gegeven moment onder meer rond hebben gereden in zijn auto met 100.000 dollar in door de FBI gemerkte briefjes. Het geld was bestemd voor een corrupte Nigeriaanse functionaris wiens diensten hij wilde kopen. Hij bewaarde het bedrag, netjes verdeeld in stapeltjes van 10.000 dollar, gewikkeld in zilverpapier in zijn vrieskist.

Een kompaan van het congreslid is reeds veroordeeld tot een gevangenisstraf van zeven jaar. Hij had een deal gesloten met het Openbaar Ministerie en verleent medewerking in ruil voor een mildere straf. Het FBI–onderzoek tegen Jefferson loopt al jaren. De bevindingen zijn reeds lang geleden uitgelekt.

Het congreslid houdt vast aan zijn onschuld. Zijn advocaat herhaalde tegen The New York Times nog maar eens dat standpunt. Jefferson is van plan „deze aanklacht aan te vechten en zijn naam te zuiveren", aldus de advocaat.