De structuur van de canon bleef gelijk: vijftig vensters - belangrijke momenten of personen uit de vaderlandse geschiedenis die een ontwikkeling in de geschiedenis vertegenwoordigen. De christenhistorici vervingen een zestal vensters door andere en wijzigden er drie van naam.Zo verdwenen de grachtengordel, Eise Eisinga, Spinoza, de buitenhuizen, de gasbel en Annie M. G. Schmidt. Hiervoor in de plaats zijn opgenomen de Sint-Janskathedraal, stadhouder Willem III, Anthonie van Leeuwenhoek, de Schoolstrijd, het Tweede Vaticaans Concilie en de baas-in-eigen-buikbeweging. De beeldenstorm veranderde in de hagenpreek, Napoleon Bonaparte maakte plaats voor zijn broer Lodewijk Napoleon en Srebrenica werd veralgemeniseerd tot de blauwhelm.

Hoewel de commissie-Van Oostrom volgens de rooms-katholieke kerkhistoricus, prof. dr. Peter Nissen goed werk leverde, was de liberale en vrijzinnige insteek een doorn in zijn oog. Samen met prof. dr. James Kennedy, hoogleraar hedendaagse geschiedenis aan de Vrije Universiteit, drs. Ton van der Schans, docent geschiedenis op de christelijke hogeschool Driestar educatief, en prof. dr. Gerrit Schutte, emeritus hoogleraar geschiedenis aan de VU, paste hij de canon aan.

Prof. George Harinck, directeur van het Historisch Documentatiecentrum voor het Nederlandse protestantisme aan de VU discussieerde mee met de commissie, maar zette op het laatste moment niet zijn handtekening onder de alternatieve canon. Hij vindt dat de officiële canon het christelijk onderwijs voldoende handvatten biedt.

Dr. Hubert Slings, secretaris van de commissie-Van Oostrom, is blij met de veelal positieve toon waarmee de officiële canon is bejegend door de christenhistorici. Toch acht hij een ”christelijke canon” „hoe begrijpelijk ook, een stap in de verkeerde richting: de officiële canon is bedoeld voor álle Nederlanders, en dat principe verlaat je als je een christelijke variant maakt. De geest achter onze canon is dat iedereen tot op zekere hoogte hetzelfde wéét, niet dat iedereen hetzelfde denkt. Je moet de hagenpreek bespreken bij de beeldenstorm en Abraham Kuyper zien door het venster van Aletta Jacobs.

Ik kan me goed voorstellen dat een christelijke docent zijn verhaal over de aanleiding tot de Tachtigjarige Oorlog begint met de hagenpreken, dat doen niet-christelijke docenten misschien ook wel. Maar ik vind dat de Beeldenstorm als ’lont in het kruitvat’ wel degelijk een passend canoniek icoon is voor wat er toen aan de hand was.”