Munir werd in september 2004 aan boord van een Garuda-toestel op weg van Jakarta naar Amsterdam vergiftigd. De 45-jarige Pollycarpus was aanvankelijk als enige vanwege de gifmoord op Munir veroordeeld, tot veertien jaar gevangenisstraf. In oktober werd dat vonnis echter door het Indonesische hooggerechtshof vernietigd. De twee jaar cel wegens documentenvervalsing waartoe Pollycarpus was veroordeeld, werden gehandhaafd.Ter gelegenheid van Kerstmis kreeg Pollycarpus een strafvermindering van een maand, waardoor hij automatisch in aanmerking kwam voor vervroegde vrijlating. Dinsdag werd hij op vrije voeten gesteld, zei een woordvoerder van het ministerie van justitie.

Aanhangers van Munir hebben steeds beweerd dat de ex-Garuda piloot Pollycarpus als zondebok fungeerde en dat eigenlijk hooggeplaatste figuren binnen de Indonesische inlichtingendienst achter de moord zitten. Ook een onafhankelijke onderzoekscommissie zei eerder dit jaar dat de inlichtingendienst mogelijk bij de moord op de mensenrechtenactivist betrokken is geweest. Het zou in het belang van de Indonesische regering zijn de zaak niet op te lossen, om te voorkomen dat de banden tussen de inlichtingendienst en de regering aan het licht zouden komen.

Munir oefende al onder het regime van dictator Suharto openlijk en veelvuldig kritiek uit op het Indonesische leger. Zo beschuldigde hij leden van de strijdkrachten onder meer van mensenrechtenschendingen in Oost-Timor, Atjeh en West-Papoea, en betrokkenheid bij illegale houtkap en drugssmokkel. Andere landen volgden de rechtszaak tegen Priyanto met belangstelling, omdat eruit zou kunnen blijken of de regering van president Susilo Bambang Yudhoyono werkelijk heeft gebroken met het verleden, toen moorden in opdracht van de staat niets bijzonders waren en de rechterlijke macht een instrument was van de regerende elite.