Zo wordt onderzocht of er op Schiphol een overkoepelende douanedienst moet komen. Nieuwe veiligheidseisen kunnen er in de toekomst namelijk toe leiden dat reizigers worden gecontroleerd door drie instanties: de douane, de Koninklijke Marechaussee en door de beveiliging. „Dat is niet goed te begrijpen voor de passagiers en het is niet goed voor de Luchthaven Schiphol", stelt Jenny Thunnissen, directeur–generaal Belastingdienst, waaronder de douane valt. Minister Zalm is het volgens haar met het voorstel eens.Ook is het de bedoeling dat het douanewerk in het binnenland verdwijnt en aan de buitengrens toeneemt. Hiermee wordt voldaan aan de eisen van de Europese Unie (EU), die een betere controle op veiligheidsaspecten verlangt, met het oog op een sterke groei van de goederenstromen aan de grenzen van de EU.

De toenemende automatisering is een andere reden voor de reorganisatie. De veranderingen moeten in 2012 zijn doorgevoerd.