Pitsjoegin zou in 1998 opdracht hebben gegeven tot de moord op de burgemeester van de Siberische stad Neftejoegansk. Daar had Yukos een belangrijke installatie voor het transport van olie. De voormalige veiligheidschef was overigens in 2003 al tot twintig jaar veroordeeld wegens een moord in 2003.Volgens de openbaar aanklager was de zakenpartner van voormalig Yukos–eigenaar Michail Chodorkovski, Leonid Nevslin, degene die achter de opdrachten aan Pitsjoegin zat.

Zoals in alle rechtszaken tegen Yukos, Chodorkovski en werknemers van het concern voerden ook hier de advocaten aan dat talrijke rechtsregels zijn geschonden. Zij kondigden aan in beroep te gaan. Het optreden van de Russische justitie tegen het inmiddels failliete Yukos geldt als een politieke campagne van het Kremlin tegen Chodorkovski. Chodorkovski, vroeger de rijkste man van Rusland, zit wegens belastingontduiking een straf van acht jaar uit in een strafkamp in Siberië.