Ook hulporganisaties en de Verenigde Naties hebben erop gewezen dat het aantal mensenrechtenschendingen en vluchtelingen is gestegen.Het gevaar bestaat volgens Amnesty dat het conflict tussen door de regering gesteunde Arabische milities en de rebellen overslaat naar buurlanden. De regering in Khartoem bombardeert nog steeds bases van rebellen ondanks een verbod van de Veiligheidsraad, maar het grootste deel van het recente geweld heeft plaats tussen rivaliserende rebellenfacties. Aanhangers van rebellenleider Minni Minnawi doodden bijvoorbeeld 72 leden van een rebellenfactie die zich verzet tegen het akkoord. Minnawi, de leider van het Sudanese Bevrijdingsleger, is de enige rebellenleider die de overeenkomst heeft ondertekend.