Tokio stelde meteen een onderzoek in en laakte het gebruik van buitensporig geweld. Een functionaris van het ministerie van Buitenlandse Zaken diende een protest in bij de Russische ambassade in Tokio. Hij riep de Russen op de overige drie bemanningsleden onmiddellijk vrij te laten, meldde het Japanse persbureau Kyodo.Volgens de Russen bevond de vissersboot zich in Russische wateren. De Russische patrouilleboot schoot op de Japanse boot omdat de bemanning geweigerd zou hebben te stoppen.

De Russen sleepten de boot naar het Russische eiland Kunashiri, een van de vier Koerilen–eilanden waarop Tokio aanspraak maakt. Sowjettroepen bezetten de eilanden tegen het einde van de Tweede Wereldoorlog. Door deze bezetting sloten Moskou en Tokio tot op de dag van vandaag geen vrede.

In de omstreden wateren komen regelmatig visserijconflicten voor, aldus de Japanse kustwacht. Russische patrouilles proberen vaak Japanse vissers gevangen te nemen. Er wordt echter uiterst zelden geschoten, stelde een woordvoerder van de kustwacht.