Niet iedereen in Washington was zo verrukt over Millers buitengewone diensten. De generaal was namelijk de initiator van de harde en intimiderende ondervragingsmethoden die het Amerikaanse leger introduceerde in het gevangenkamp Delta binnen de basis Guantanamo Bay op Cuba.Later werd Miller naar Irak gestuurd om deze techniek ook daar te introduceren. Niet veel later werd het Abu Ghraibschandaal bekend, waarin Miller volgens critici op de achtergrond een leidende rol had gespeeld. De generaal had eerder willen opstappen, maar het parlement verhinderde dit. Pas toen defensie schriftelijk verzekerde dat Miller ook na zijn pensioen in parlementaire onderzoeken als getuige kan worden opgeroepen mocht hij vertrekken. „Miller verdient de krijgsraad en geen eremedaille”, aldus John Sifton van de mensenrechtenorganisatie Human Rights Watch maandag.