Hayden volgt Porter Goss op die enkele weken geleden werd gevraagd op te stappen. Generaal Hayden is momenteel plaatsvervanger van nationaal directeur inlichtingen John Negroponte. Tot een jaar geleden leidde hij het National Security Agency (NSA) dat sinds de septemberaanslagen in 2001 nationaal telefoongesprekken afluistert en telefoonverkeer registreert. Volgens sommige critici is dit illegaal, maar Hayden verdedigde het programma als „legaal in het kader van onze strijd tegen het terrorisme.”President Bush noemde Hayden gisteren „de juiste man om de CIA in deze moeilijke tijd te leiden.” Hayden beloofde de Senaat dat hij de CIA niet zal leiden als dependance van het militaire inlichtingenapparaat.

Hij suggereerde eventueel zijn militaire status te willen opgeven „als mijn uniform mijn functioneren binnen de CIA blijkt te belemmeren.”