Rau was al geruime tijd ernstig ziek. Na zijn terugtreden als president moest hij twee operaties ondergaan.Zijn 75e verjaardag op 16 januari moest hij door zijn slechte gezondheid zeer rustig doorbrengen. Zijn opvolger als Duitse bondspresident, Horst Köhler, herinnerde er op die dag aan dat Rau in het Israëlische parlement (de Knesset) vergiffenis had gevraagd voor de Holocaustmisdaden van de nazi’s.

De Duitse kerken en de Wereldraad van Kerken prezen Rau als overtuigde protestant die zich heeft ingezet voor de verzoening tussen christenen en joden en goede betrekkingen met andere kerken en andere godsdiensten.

De Protestantse Kerk in Duitsland (EKD) prees Rau als een geloofwaardig christen en een voorbeeld van medemenselijkheid. ”Broeder Johannes” zat bijna 35 jaar in de synode van de kerk in Rijnland.

De Duitse kardinaal Lehmann omschreef Rau als een „diep oecumenisch ingestelde protestantse christen” die zich sterk heeft ingezet voor de bevordering van christelijke waarden in de Duitse samenleving.

De Wereldraad van Kerken zal zich Rau, „een vriend van de oecumenische beweging”, vooral blijven herinneren om zijn inzet voor „de eenwording van Duitsland en de verzoening met de slachtoffers van fascisme en Holocaust.”