De spoorbeheerder ProRail, de havenbedrijven uit Amsterdam en Rotterdam en de commerciële onderneming Towrail mogen gedurende vijf jaar het traject uitbaten. Ze werken samen onder de naam Green Tulip Railway Company (GTRC). De Betuweroute gaat op 1 januari 2007 open.Het akkoord was een zware bevalling. In april vorig jaar kreeg Peijs nog de kous op de kop met een eerste voorstel, waarbij de exploitatie naar ProRail en het Havenbedrijf Rotterdam zou gaan. De Staat zou in de aanloopperiode flink moeten bijpassen voor een lijn die al aanzienlijk duurder uitvalt dan geraamd. De Kamer veegde dit exploitatieplan van tafel.

Het nieuwe voorstel brengt de overheidsbijdrage terug van 64 miljoen euro tot 35,6 miljoen euro over een periode van vijf jaar. Daar heeft de Kamer tijdens een eerder overleg aarzelend zijn goedkeuring aan gegeven.

Een ander netelig punt omtrent de Betuweroute is de vergoeding die railvervoerders moeten betalen voor het gebruik van het traject. Op verzoek van de Kamer brengt GTRC „kostendekkende" tarieven in rekening, aldus Peijs. Daardoor zijn transportbedrijven straks op de Betuweroute veel meer geld kwijt dan nu het geval is op het bestaand spoor.

Peijs voorziet voor de komende jaren forse minder vraag naar het goederenvervoer over het bestaande spoornet. Om ervoor te zorgen dat vervoerders gebruik maken van de Betuweroute, is het onmogelijk om kortingen op de tarieven te geven voor het bestaande spoor. Als dit net goedkoper zou worden dan de goederenlijn, zouden bedrijven de peperdure Betuweroute wel eens links kunnen laten liggen.

Het bestaand net wordt daarom ook duurder. De vraaguitval is voor een deel te betreuren „omdat daardoor vervoer van het spoor naar de weg verschuift en Nederlandse havens mogelijk lading verliezen", schrijft Peijs.

Om het bestaand spoor toch aantrekkelijk te houden, onderzoekt de minister een speciale compensatie. Een vervoerder die op het bestaande spoor twee tot drie keer aan de kant moet om een personentrein voor te laten, kan gecompenseerd worden voor de geleden schade. Door een dergelijke regeling zou de vraag met 10 tot 13 procentpunt afnemen tot 17 procent in 2007. Voor latere jaren voorspelt Peijs een uitval van 10 procent.