Regeringstroepen schoten in mei op duizenden demonstrerende burgers in Andijan en doodden daarbij volgens mensenrechtenorganisaties zeker 700 mensen. De regering zei echter dat extremistische moslims achter het geweld zaten en dat bij het neerslaan van de opstand 187 gewapende extremisten werden gedood. Een aantal overlevenden van het bloedbad heeft begin deze week in Duitsland -waar Almatov vermoedelijk wegens kanker behandeld wordt- een aanklacht ingediend tegen de voormalige minister. Ze beschuldigen hem van marteling en andere mensenrechtenschendingen.De berechting van veronderstelde oproerkraaiers in Oezbekistan gaat ondertussen gestaag door. Donderdag werden 37 mensen veroordeeld tot gevangenisstraffen van tien tot achttien jaar. Woensdag kregen 41 mensen te horen dat ze tot twintig jaar achter de tralies zullen verdwijnen wegens hun deelname aan het protest. De laatste twee maanden zijn volgens mensenrechtengroepen al meer dan 150 mensen in showprocessen veroordeeld.

De opstand begon met de bestorming van een gevangenis in Andijan waar een groep zakenlieden vastzat op verdenking van het onderhouden van banden met een radicaal-islamitische beweging. De bevrijdingsactie was het werk van vrienden en aanhangers van de zakenlieden, die naar eigen zeggen helemaal geen banden met moslimextremisten hebben. Na de bevrijdingsactie bezette de groep een overheidsgebouw in de stad, waarna zich een menigte demonstranten op het plein voor de deur verzamelde. De demonstranten protesteerden volgens mensenrechtengroepen tegen de economische malaise en het beleid van de regering.

Overigens had de Europese Unie Almatov verboden nog langer het grondgebied van de 25 lidstaten te betreden. Voor de medische behandeling in Duitsland werd een uitzondering gemaakt. Nadat mensenrechtengroepen echter lucht hadden gekregen van zijn komst en zijn arrestatie hadden geëist, verliet Almatov in allerijl het land.