Als de motoren nog werkten, moet er een andere oorzaak zijn voor de problemen die tot de crash leidden. Deskundigen van de National Transportation Safety Board (NTSB) concentreren zich daarom op het verticale staartstuk, dat voor het neerstorten losraakte van de romp van het toestel. Volgens NTSB-directrice Marion Blakey zijn er geen aanwijzingen dat het staartstuk door iets is geraakt en daardoor is losgeraakt. Mogelijk is het losgescheurd door ongewone turbulenties.

Men denkt hierbij onder meer aan turbulenties in het kielzog van een Boeing 747-400 van Japan Airlines die vóór de Airbus A-300 van American Airlines opsteeg. Normaal moet er minimaal 2 minuten en 20 seconden gewacht worden met opstijgen tussen twee vliegtuigen. Maar nadat de jumbo van Japan Airlines was vertrokken, steeg de veel kleinere Airbus van American Airlines al na 1 minuut en 45 seconden op. Mogelijk hebben sterke staartturbulenties problemen veroorzaakt, maar volgens deskundigen zijn die nauwelijks in staat om een staartstuk los te scheuren.

Speculeren
Misschien hebben hier meer factoren samengewerkt. Om het gewicht van vliegtuigen te verminderen worden tegenwoordig naast aluminium vaak nieuwe materialen gebruikt. Moeheid van dit materiaal, eventueel gecombineerd met de gevolgen van onvoldoende of slecht onderhoud, zou desastreus geweest kunnen zijn voor het staartstuk. „Het blijft voorlopig speculeren, tot wij alle verdachte onderdelen aan een nauwkeurig onderzoek onderworpen hebben", aldus Blakey. Intussen stelt de federale recherche FBI een eigen onderzoek in. Vertegenwoordigers van de opsporingsdienst benadrukken echter dat er tot nu toe geen enkele aanwijzing is dat de ramp het gevolg is van kwade opzet.